Depuis la réouverture du Musée des Beaux-Arts de Tourcoing en novembre 1994, après restructuration complète de l'établissement muséal, les collections permanentes sont présentées selon un ordre stylistique ou thématique et non plus chronologique, afin d'assurer des liaisons entre l'art contemporain et l'art des siècles précédents, en confrontant, par les différences et les comparaisons stylistiques, l'art contemporain à l'art ancien, et aussi la peinture à la gravure, au dessin et à la sculpture.
Des salles spécifiques ont été créées : Salle Jean Fautrier, Martin Barré, Hommage au carré, Antonio Semeraro et Markus Raëtz - que l'artiste a lui-même conçue pour la réouverture. Le premier étage est désormais consacré à un Cabinet d'Arts graphiques compte-tenu de la collection importante dans ce domaine, que des expositions spécifiques viennent enrichir. La politique d'acquisition est liée aussi à la politique d'exposition et permet, chaque année, d'enrichir les collections et ainsi de modifier l'accrochage. La muséographie est remise en question régulièrement afin de proposer de nouveaux rapprochements stylistiques.
Des œuvres in situ ont été réalisées en 1992 par Sol LeWitt, Par Steir, Matt Mullican et Philippe Cazal. Ils sont accompagnés de nouveaux dépôts du Fonds National d'Art Contemporain, du Fonds Régional d'Art Contemporain Nord-Pas de Calais, du British Council et des Musées de France qui viennent complèter et développer les liaisons avec les collections permanentes du musée.