Le Musée de Pont-Aven a été créé en 1985 à l'initiative de la ville de Pont-Aven et de l'association des Amis du Musée de Pont-Aven, avec le concours de la Direction des Musées de France et du Conseil Général du Finistère.
Depuis le 1er juin 2012, le Musée de Pont-Aven est géré par Concarneau Cornouaille Agglomération.
Devenu trop petit, le Musée de Pont-Aven est actuellement fermé pour travaux. D'ici sa réouverture, prévue en 2015, un espace d'informations et d'animations, situé au 26, rue du Général de Gaulle, à Pont-Aven, accueille le public à quelques mètres du chantier.